Gemeinsam mit dessen Sohn Wilhelm junior gründet Junkers 1889 eine Versuchsstation für Gasmotore, um eine geeignete Kraftmaschine zur Erzeugung von Elektroenergie zu entwickeln. Bald ist klar, dass für den erfolgreichen Betrieb eines solchen Motors der Brennwert des verwendeten Gases bekannt sein muss – und diesen Wert soll Junkers` Kalorimeter liefern.

Doch Hugo Junkers hat größere Pläne: Er traut seiner Erfindung eine große Zukunft zu und will diese möglichst allein verwerten. Am 21. Oktober 1892 gründet er seine erste eigene Firma mit dem Namen „Hugo Junkers – Zivilingenieur Dessau“; Firmensitz sind Mieträume der „Centralwerkstatt Dessau“ im Gasviertel am Wörlitzer Bahnhof. Einer der ersten Mitarbeiter ist Klempnermeister Otto Knick (1865 – 1921), der schon seid dem 30. Mai für Junkers gearbeitet hat. Sein außerordentliches handwerkliches Geschick und seine innovative Natur lassen ihn schnell zu Junkers` wichtigster Stütze werden. Zwischen Junkers und Knick entwickelt sich eine lebenslange Freundschaft.

Erste USA-Reise mit gemischtem Erfolg

Im April 1893 reist Hugo Junkers erstmals in die USA. Persönlich präsentiert er mit Paul Sachsenberg, einem Roßlauer Schiffsbauunternehmer, sein Kalorimeter auf der Weltausstellung in Chicago. Mit Erfolg: Das Gerät wird mit einer Goldmedaille ausgezeichnet, und Junkers unternimmt im Anschluss hoffnungsvoll eine Studienreise durch die Vereinigten Staaten, bei der er die Marktlage erforschen und Lieferaufträge für sein Kalorimeter erhalten will. Tatsächlich lernt er die Marktlage kennen: Interesse ja, Aufträge nein ist das Ergebnis. Nach dreimonatiger Abwesenheit – in der Zwischenzeit muss einer seiner Mitarbeiter eigenes Geld für den Betrieb der vernachlässigten Werkstatt vorschießen, welches Junkers erst Jahre später zurückzahlt – kehrt Junkers im Juli unbeeindruckt von dem wirtschaftlichen Misserfolg seiner Reise nach Dessau zurück.

Dort setzt er unverzüglich die Entwicklungsarbeit fort. Trotz erheblicher finanzieller Probleme entsteht 1894 der erste Gasbadeofen auf der Grundlage seines Kalorimeters, ein mannshohes Standgerät, das Junkers unter der Bezeichnung „Flüssigkeitserhitzer“ zum Patent anmeldet. Auf der Suche nach einem Investor, der die nötigen Investitionen bis zum wirtschaftlichen Erfolg seiner Erfindungen finanzieren sollte, trifft Junkers auf Dr. Robert Ludwig, einen Freund aus Studientagen. Mit ihm zusammen gründet er im Juli 1895 die Warmwasser-Apparatefabrik „Junkers & Co.“ Dessau, kurz „Jco“ genannt. Zwischen den Partnern entwickelt sich ein ständiger Streit über Anteile und Zuständigkeiten – Hugo Junkers gilt Zeit seines Lebens als schwieriger Geschäftspartner. Nur zwei Jahre später steigt Ludwig aus dem Unternehmen aus. Den Namen „Junkers & Co.“ behält Junkers dennoch bei.

Die „Jco“ bildet in den folgenden Jahren die Ausgangsbasis für ein weit verzweigtes Firmenimperium – und es bildet auch dessen wirtschaftliche Basis. Erst die Gewinne aus den Jco-Werken machen später den Junkers-Flugzeugbau und die anderen unternehmerischen Tätigkeiten möglich. Hergestellt werden bei Junkers & Co. zunächst weiterhin Kalorimeter, die im Laufe der Zeit verschiedensten Ansprüchen angepasst werden. Dazu kommen die so genannten Junkers-Gasbadeöfen, die auf Basis des Flüssigkeitserhitzers entwickelt werden und bald warmes Wasser in die Wohnungen bringen. „Jeden Tag ist Badetag“ lautet ein Werbe-Motto, und tatsächlich ermöglichen die Junkers-Badeöfen zum ersten Mal auch einfachen Bevölkerungsschichten eine regelmäßige Warmwasser-Versorgung. Neben den Hauptprodukten Kalorimeter und Gasbadeöfen produziert Junkers & Co. noch weitere Mess- und Regulierungselemente für die Gasversorgung.

Im Jahr 1896 wird das erste Junkers-Fabrik-Gebäude errichtet. Es ist ein gelb-roter Klinkerbau, wie er bei den Webereibauten im Westen Deutschlands üblich ist – eine Reminiszenz an die väterliche Fabrik in Rheydt. Eine elektrisch beleuchtete, großformatige Firmenwerbung erregt dabei besonderes Aufsehen. In den folgenden Jahren wird dort der anfangs fest stehende Gasbadeofen zu einem leichten Wandmodell, der Junkers-Gastherme, weiter entwickelt. Das Sortiment der Junkers & Co. an Warmwasser-Durchlauferhitzer wird laufend erweitert und umfasst schon nach einigen Jahren mehrere Dutzend Modelle.